وظیفه اصلی بخش کنترل کیفیت تعقیب فرآیند های SOP می‌باشد که توسط بخش‌هایی همچون تضمین کیفیت الگوسازی شده است. این بخش عملیات نظارتی و کنترل خود را طبق ساختار نظام یافته تدوین شده از لحظه ورودی مواد اولیه و حین فرآیند تا خروجی محصول به سمت انبار محصول و حتی بررسی کیفی محصولات در بازه زمانی تولید تا انقضا بر عهده دارد. تسلط بر مبانی QA و اصول GMP و GLP از پایه‌ای‌ترین وظایف تدوین شده برای پرسنل این بخش است. نقش کلیدی بخش کنترل کیفی به عنوان هماهنگ‌کننده و یکپارچه‌ساز تولید و تضمین کیفیت در راستای رسیدن به بهترین کیفیت، پیاده سازی راه های تسهیل فرآیند تولید، کاهش خطا، حفظ هرچه بیشتر موارد منطبق با اصول تولید، کاهش حداکثری تولیدات نامنطبق و رفع اصولی مشکلات تولید در جهت بهبود کارایی می‌باشد.
